序曲关於时代
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西元1860年代，约当中国清朝咸丰与同治皇帝在位时期，日本德川幕府三百年的锁国政权，因为欧美国家大量商船来航要求开港通商而面临严峻挑战。 尊皇、佐幕、攘夷、开国——各种野心与思想齐出争鸣，持剑的武士分为两大派：幕府武士与维新志士彼此之间互相争斗不已，造就了历史上充斥血腥杀戮的幕末黑暗时期。 主张尊皇攘夷、号称尊攘派的维新志士中以长州藩为大宗，着名的领导人物有桂小五郎後来的木户孝允、高衫晋作、山县有朋等人。其中，高衫晋作先後所创立或组织的部队，例如：奇兵队、报国队、南园队……各种作战队伍，成员除了武士之外还包括农民与町人商人或工人，这是首先打开长久以来只有武士才能当兵的规矩。再加上对於战术的改革与武器的改良，令长州藩兵成为领先其他各藩藩兵的西式化军队。 拥戴幕府政权的佐幕派势力中，会津藩是其中主力之一，末代藩主松平容保在担任京都守护职的职务时，派遣麾下的新撰组也是尔後奥州会津战争的幕府军部队之一与会津直辖队一起担负了取缔尊攘派志士和维持京都治安的重责大任。 因此会津藩新撰组与长州派维新志士，在时局的左右下，有着宿命般的对立。 故事就从元治元年，西元1864年开始演绎。主演的舞台，即是陷入动荡纷乱的千年王城——京都。